Η Γενική Συνέλευση του Τμήματος που είναι σημαντικό όργανο λήψης αποφάσεων και απαρτίζεται από το διδακτικό ερευνητικό προσωπικό (Δ.Ε.Π.), 50% εκπροσώπους των φοιτητών και 15% εκπροσώπους των μεταπτυχιακών φοιτητών σε αναλογία με τον αριθμό των μελών Δ.Ε.Π. που συμμετέχουν στη Γενική Συνέλευση. Όταν ο αριθμός των μελών Δ.Ε.Π. του τμήματος είναι μικρότερος ή ίσος του 30, στη Γενική Συνέλευση συμμετέχουν όλα τα μέλη του ενώ όταν είναι μεγαλύτερος του 40, συμμετέχουν 30 εκπρόσωποι. Στην περίπτωση που ο αριθμός των μελών ΔΕΠ κυμαίνεται μεταξύ 31 και 40, η Γενική Συνέλευση αποφασίζει αν θα συμμετέχουν όλα τα μέλη του τμήματος ή 30 εξ αυτών ως εκπρόσωποι.

Η Γενική Συνέλευση του Τμήματος είναι αρμόδια για:

• Τη γενική εποπτεία της λειτουργίας του Τμήματος και της τήρησης των νόμων και του εσωτερικού κανονισμού.
• Τον καθορισμό της γενικής εκπαιδευτικής και ερευνητικής πολιτικής του Τμήματος, τον προγραμματισμό και τη στρατηγική της πορείας και της ανάπτυξής του και τον τακτικό απολογισμό των σχετικών δραστηριοτήτων του στο πλαίσιο των γενικότερων αποφάσεων της Συγκλήτου.
• Τη διατύπωση γνώμης για συγκρότηση Σχολής, για μετονομασία, συγχώνευση, κατάτμηση ή κατάργηση του Τμήματος και για σύσταση, κατάργηση, κατάτμηση, μετονομασία ή συγχώνευση τομέων, εργαστηρίων ή κλινικών.
• Την κατανομή, ύστερα από γνώμη των Γενικών Συνελεύσεων των Τομέων, των Εργαστηρίων, των κλινικών, του εξοπλισμού και του προσωπικού στους Τομείς.
• Την κατανομή πιστώσεων στις εκπαιδευτικές, ερευνητικές και λοιπές δραστηριότητες του Τμήματος.
• Τον προγραμματισμό και την προκήρυξη θέσεων μελών Δ.Ε.Π., καθώς και τη συγκρότηση των οικείων εκλεκτορικών σωμάτων.
• Την πρόσκληση επισκεπτών καθηγητών και την προκήρυξη θέσεων εντεταλμένων επίκουρων καθηγητών και ειδικών επιστημόνων.
• Την κατάρτιση και αναθεώρηση του προγράμματος σπουδών και τη διατύπωση γνώμης για κατευθύνσεις ή ειδικεύσεις του πτυχίου του Τμήματος.
• Τη συγκρότηση επιτροπής μεταπτυχιακών σπουδών.
• Την άσκηση αρμοδιοτήτων Διοικητικού Συμβουλίου του Τμήματος όπου τούτο δεν λειτουργεί.
• Τη σύνταξη εσωτερικού κανονισμού του Τμήματος, ο οποίος όμως δεν μπορεί να βρίσκεται σε αντίθεση με τον κανονισμό λειτουργίας του Α.Ε.Ι.
• Τη συγκέντρωση και διαβίβαση στη Σύγκλητο των ετήσιων δραστηριοτήτων του Τμήματος.
• Την απονομή τίτλου επίτιμου διδάκτορα.
• Το διορισμό διευθυντή τομέα, όταν δεν υπάρχουν υποψηφιότητες.
• Τη μεταβίβαση αρμοδιοτήτων της στο Διοικητικό Συμβούλιο ή σε άλλα όργανα του τμήματος και στη Επιτροπή Σπουδών.

Το Διοικητικό Συμβούλιο που αποτελείται από τον Πρόεδρο και τον αναπληρωτή πρόεδρο του τμήματος, τους διευθυντές των τομέων, δύο εκπροσώπους των προπτυχιακών φοιτητών και έναν των μεταπτυχιακών. Όταν συζητούνται θέματα υπηρεσιακής κατάστασης του κλάδου τους, συμμετέχει, ανάλογα με το θέμα, ένας εκπρόσωπος του Ε.Ε.ΔΙ.Π. ή του Ε.Τ.Ε.Π. ή του Ε.Δ.Π. Για κάθε άλλο θέμα, πλην των αναφερομένων, για το οποίο η κείμενη νομοθεσία προβλέπει τη λήψη απόφασης ή την παροχή γνώμης ή την υποβολή πρότασης ή εισήγησης σε επίπεδο τμήματος, η σχετική αρμοδιότητα ανήκει στο διοικητικό συμβούλιο του τμήματος, το οποίο έχει και την ευθύνη της εκτέλεσης και την εποπτεία εφαρμογής των αποφάσεων της γενικής συνέλευσης καθώς και την ευθύνη της τρέχουσας και διαρκούς εποπτείας για την εύρυθμη λειτουργία του Τμήματος και την τήρηση των νόμων και του εσωτερικού κανονισμού του Α.Ε.Ι.

Ο Πρόεδρος του Τμήματος και ο αναπληρωτής του, ο οποίος τον αντικαθιστά όταν απουσιάζει ή κωλύεται, εκλέγονται για διετή θητεία από ειδικό σώμα εκλεκτόρων, που απαρτίζεται από το σύνολο των μελών Δ.Ε.Π. του τμήματος εκπροσώπους των φοιτητών ίσους προς το 80% του αριθμού των μελών Δ.Ε.Π. εκπροσώπους ίσους προς το 5% του αριθμού των μελών Δ.Ε.Π. από κάθε μία από τις υπόλοιπες κατηγορίες του εκπαιδευτικού προσωπικού.

Ο πρόεδρος του Τμήματος έχει τις ακόλουθες αρμοδιότητες: 

• Συγκαλεί τη Γ.Σ. και το Δ.Σ.
• Καταρτίζει την ημερήσια διάταξή τους και προεδρεύει των εργασιών τους.
• Εισηγείται στη Γ.Σ. για θέματα της αρμοδιότητάς της.
• Τηρεί μητρώα επιστημονικής δραστηριότητας κάθε μέλους Δ.Ε.Π.
• Μεριμνά για την εφαρμογή των αποφάσεων της Γ.Σ. και του Δ.Σ.
• Συγκροτεί επιτροπές για τη μελέτη ή διεκπεραίωση συγκεκριμένων θεμάτων και προΐσταται των υπηρεσιών του τμήματος.