Τα όργανα του Α.Ε.Ι. είναι τα ακόλουθα:

• Η Σύγκλητος που αποτελείται από τον πρύτανη, τους αντιπρυτάνεις, τους κοσμήτορες των σχολών, τους προέδρους των τμημάτων, εκπροσώπους των αναπληρωτών καθηγητών, των επικούρων καθηγητών και των λεκτόρων σε αριθμό ίσο προς το ένα τρίτο (1/3) των τμημάτων των Α.Ε.Ι. Συμμετέχει επίσης ένας εκπρόσωπος του ειδικού εκπαιδευτικού διδακτικού προσωπικού (Ε.Ε.ΔΙ.Π.), ένας εκπρόσωπος του ειδικού τεχνικού εργαστηριακού προσωπικού (Ε.Τ.Ε.Π) και ένας εκπρόσωπος του διοικητικού προσωπικού, ένας εκπρόσωπος των φοιτητών από κάθε τμήμα, δύο εκπρόσωποι των μεταπτυχιακών φοιτητών και ειδικών μεταπτυχιακών υποτρόφων (Ε.Μ.Υ), ένας εκπρόσωπος των βοηθών - επιμελητών - επιστημονικών συνεργατών.
• Το Πρυτανικό Συμβούλιο που αποτελείται από τον πρύτανη, τους αντιπρυτάνεις, έναν εκπρόσωπο των φοιτητών, που υποδεικνύεται από το σύνολο και μεταξύ των φοιτητών που μετέχουν στη σύγκλητο, και τον προϊστάμενο γραμματείας του Α.Ε.Ι., ως εισηγητή και με δικαίωμα ψήφου επί διοικητικών, οικονομικών και τεχνικών θεμάτων, καθώς και επί θεμάτων διοικητικού προσωπικού. Χωρίς δικαίωμα ψήφου μετέχει και εκπρόσωπος του διοικητικού προσωπικού.
• Ο Πρύτανης και οι τρείς Αντιπρυτάνεις έχουν τετραετή θητεία. Εκλέγονται με μυστική ψηφοφορία, από το σύνολο:
  
  
  1. των μελών Δ.Ε.Π. του Α.Ε.Ι.
  2. των προπτυχιακών και μεταπτυχιακών φοιτητών του Α.Ε.Ι. και
  3. των Βοηθών, Επιστημονικών Συνεργατών και Επιμελητών, των μελών Ε.Ε.ΔΙ.Π., των μελών ΕΤΕΠ και του Διοικητικού Προσωπικού του Α.Ε.Ι.